المخطوطات
أدرك عيسى إسكندر المعلوف منذ نشأته أهمية المخطوطات، فطفق في جمعها من سورية ولبنان ومصر. وفي مقالة كتبها شرح فيها للباحثين في مكتبته عن طريقته في جمع المخطوطات ودراستها: «اجتمع لدي حوالي ألفي مخطوط كلها من النفائس والنوادر وعلى كل كتاب دروس نشأته وذكر نسخه في المكاتب الأخرى وما طبع منه ومعارضته بالمطبوع وأبدأ ملاحظتي عليه مع ذكر موضوعاته ووضع فهرس له حتى إذا فتح كل كتاب يرى فيه المطالع جميع ما يريد معرفته عنه إلى غير ذلك من الفوائد. وإذا كان الكتاب علمياً بحثت في المقابلة بين العلم الذي تضمنه قديماً وذلك العلم في هذا العصر، وأحببت المؤلفات المخطوطة بيد مؤلفها وما قُرئ منها على المؤلف أو أحد تلاميذه أو على كبار العلماء.
تنوَّعت مصادر هذه المخطوطات، فاشتراها من دمشق وحلب وحمص وحماة في سورية، وبيروت ووادي الكرم في كفرعقاب بالمتن في لبنان، إضافةً إلى القيروان في تونس. وقد باع المعلوف قسماً من مخطوطاته للجامعة الأميركية في بيروت عام 1925، وأهدى البعض منها لمجموعة من الأشخاص نذكر منهم: غبطة البطريرك غريغوريوس الرابع حداد، بطريرك أنطاكية وسائر المشرق للروم الأرثوذكس، حيث ذكر في أحد مراجعه: «أهديت هذا الكتاب (يعني مخطوط) مقالات القديس يوحنا الدمشقي وبعض منطقه لغبطة العلامة الكبير البطريرك غريغوريوس الرابع الحداد بطريرك أنطاكية وجميع المشرق لمَّا شرف زحلة وشرفني بزيارته وتفقد مخطوطاتي وذلك في 19 كانون الاول سنة 1911». كما أهدى البعض الآخر للعالم والأديب المصري أحمد تيمور باشا، وذكر أنه باع البعض منها للجامعة لأميركية وباع إحدى المخطوطات للهند.
ومن أهم وأنفس المخطوطات التي جمعها عيسى إسكندر المعلوف وموجودة في مؤسستنا العريقة، ما يلي:
- ديوان إبراهيم الحكيم الملكي الكاثوليكي – هو ديوان عزيز الوجود (1809)
- أدبيات الحكماء والفلاسفة اليونانيين – كتاب مفيد جدًا (716)
- جامع الفنون وسلوة المحزون – ونسخته هذه نادرة (1039)
- شرح الجغميني لقاضي زاده الرومي – نسخة متقنة نادرة بديعة (1047)
- حاشية الصبان على شرح الملوية / محمد بن علي الصبان – بخط مؤلفها (1083)
- ديوان الشيخ تقي الدين بن حجة الحموي / جمعه عيسى إسكندر المعلوف اللبناني عفى عنه – هو نادر الوجود (1084) باقٍ – بيع مع القسم الثاني من المجموعة
حاشية الدماميني على مغني اللبيب لجمال الدين بن هشام / محمد بن أبي بكر المخزومي الدماميني (1088) -
كتاب شرح إيساغوجي في علم المنطق يتبعه شرح إيساغوجي لأبي يحيى - وهي نسخة نفيسة (1087) -
مختصر المطول على تلخيص المفتاح أو البيان في إيضاح المعاني – وهي نسخة نفيسة (1091) -
فرائض السخاوي وشرحها لسبط المارديني – وهي نسخة نفيسة قديمة (1186) -
وقد ورد عن العلَّامة أن: «هناك مجموعة من القراء والمؤرخين والكتاب البارزين زاروا خزانته ووقفوا على مخطوطاته ما بين سنتيّ 1925 و1945 منهم: أمير الشعراء أحمد شوقي والصحافي والأديب جرجي زيدان، وأحمد زكي باشا المصري أحد أعيان النهضة الأدبية في مصر والملقب بشيخ العروبة، والطبيب محمد أجمل خان الهندي مؤسس الكلية الطبية في دلهي، والمستشرق الفرنسي لو سيرف (Le Serf) الذي كان يعمل في المعهد الفرنسي في دمشق فنقل بعض الأبحاث في الزجل وكتب عن مجموعة المعلوف بمجلة المعهد، وداود بركات رئيس تحرير جريدة الأهرام في مصر، والطبيب اللبناني إسكندر بك البارودي، مؤسس مجلة الطبيب، والآنسة جان أرقش .التي استعانت بما لدى المعلوف عن الأمير فخر الدين الثاني المعني وألَّفت كتاباً عنه بالفرنسية.