راجع يتعمر مهما يتجرح 1991 - 2004
بعد توقيع إتفاق الطائف وبزوغ فجر الجمهورية الثانية تكرس زكي ناصيف كعرّاب للأغنية الفولكلورية اللبنانية تأليفًا وتلحينًا وتجلّى ذلك بتكريمه في 5/12/1992 من قبل رئاسة الجمهورية ومنحه وسام الأرز الوطني من رتبة كومندور تقديرًا لمجمل عطائه . وكان قد سبق تكريمه من قبل الوزير وليد جنبلاط (1949-) في المجمع السياحي في بعقلين (17/6/1991)، كما قامت لجنة الأرز الذهبية برئاسة الوزير ميشال إده (1928-) بمنحه جائزة العطاء الفني المبدع (28/1/1992)، وكرّمته المؤسسة اللبنانية للإرسال (26/8/1992)
كما كرمته رئاسة الجمهورية العربية السورية في مهرجان الأغنية السورية الرابع في حلب (1996)، وجوقة الفرح برئاسة الأب إلياس زحلاوي (20/2/1999). وكان زكي ناصيف قد نال وسام المعارف من وزارة التربية والفنون الجميلة (6/6/1980)
وتوالت مبادرات التكريم على الصعيد الأهلي، فقد أطلق افتتاح نادي عيتنيت في البقاع الغربي "صالة زكي ناصيف" في (10/9/1990)، وكرَّمته مدرسة دير المُخلّص بمناسبة تقليده الصليب البطريركي الأورشليمي المقدس (أيار2003 ) . كما كرّمته هيئة تلفزيون المستقبل في بيت مري، ولجنة مهرجانات دوما الصيفية في منطقة البترون، شمال لبنان (1997) و"اللجنة العالمية للمحافظة على أرز لبنان" على مسرح Adult High School في العاصمة الكندية أوتاوا ممثلة بعقيلة سفير لبنان في كندا (1/4/1995).
حمل زكي ناصيف لقب الرئيس الفخري لجمعية المؤلفين والملحنين في لبنان حتى رحيله
صدر ألبوم "فيروز تغني زكي ناصيف" عام 1994 من إنتاج "صوت الشرق" شمل مغناة "يا بني أمي" بالإضافة إلى موشحين ودبكة وخمس أغنيات حديثة من نظم وألحان زكي ناصيف، منها: "أهواك بلا أملِ". صدور ألبوم "مهما يتجرح..."، من إنتاج صوت الشرق ، واشتمل على نشيد "مهما يتجرح بلدنا" (الذي أطلقه زكي على أثر مجزرة قانا الأولى في 18 نيسان 1996.
استمر زكي ناصيف بالعطاء حتى بلغ الثمانية والثمانين ولحين رحيله في 11 آذار 2004 تاركًا خلفه إرثًا فنيًا يزيد عن 1100 عمل يشمل المقطوعات الموسيقية، والأغاني الشعبية والدبكات، والمواويل، والأعمال الدينية، والأناشيد العسكرية والوطنية، وأغاني الأطفال والموشحات، والمغناة، والأغاني الحديثة والراقصة .
في كانون الأول من العام نفسه، تمّ إنشاء برنامج زكي ناصيف للموسيقى في الجامعه الأميركية في بيروت بعد أن انتقل كامل إرثه الفني; بموجب هبة من ورثته - إلى المجموعات الخاصة في مكتبة يافت في الجامعة الاميركية في بيروت ليكون ضمن متناول ايدي الاجيال الصاعدة تمامًا كما أراد زكي